Поиск предполагаемых полных и почти полных геномов ДНК- содержащих вирусов в метагеномах, полученных из оз. Байкал
DOI:
https://doi.org/10.31951/2658-3518-2024-A-4-1050Ключевые слова:
метагеномика, бактериофаги, высокопроизводительное секвенирование, оз. Байкал, полный геномАннотация
В работе представлен анализ предположительно полных и почти полных геномов бактериофагов, извлечённых из метагеномных данных, полученных из образцов ДНК, выделенной из воды оз. Байкал с применением современных биоинформатических программ. Всего было выявлено 73 последовательности длиной от 13,8 тыс. до 163,7 тыс. оснований, принадлежащие фагам класса Caudoviricetes. Обнаружены два контига, принадлежащие предположительно цианофагам длиной 36,8 тыс. и 163,7 тыс. нуклеотидов, причём в последнем идентифицирована ORF длиной 159 аминокислотных остатков сходная с малым белком теплового шока (Hsp20). Анализ идентифицированных в собранных геномах бактериофагов аминокислотных последовательностей по базе данных PHROG выявил, что 27,5% из них имеют неизвестную функцию, в то время как большая часть из имеющих сходство с известными (23,7%) принадлежит категории «ДНК, РНК и нуклеотидный метаболизм». Также в собранных геномах обнаружен ряд вспомогательных метаболических генов (AMG): nadM, cysC, cobS, galE, cobT и др. Большая часть последовательностей, имеющих сходство с последовательностями из базы данных IMG/VR (89,6%) соответствовала последовательностям, полученным из пресноводных водоёмов.
Загрузки
Дополнительные файлы
Опубликован
Выпуск
Раздел
Лицензия
Copyright (c) 2024 Лимнология и биология пресноводных экосистем
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial» («Атрибуция — Некоммерческое использование») 4.0 Всемирная.
Эта работа распространяется под международной лицензией Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0.